Index

_

_ceil() (in module deimos.plot) _check() (deimos.calibration.CCSCalibration method) _compute_splits() (deimos.subset.MultiSamplePartitions method) (deimos.subset.Partitions method)

_load_hdf() (in module deimos.io) _rename() (in module deimos.plot) _save_hdf() (in module deimos.io) _set_format() (deimos.plot.ScalarFormatterForceFormat method)

A

agglomerative_clustering() (in module deimos.alignment)

apply() (deimos.deconvolution.MS2Deconvolution method) arrival2ccs() (deimos.calibration.CCSCalibration method)

B

beta (deimos.calibration.CCSCalibration attribute) buffer_mass (deimos.calibration.CCSCalibration attribute) build_factors() (in module deimos) (in module deimos.io)

build_index() (in module deimos) (in module deimos.io)

C

calibrate() (deimos.calibration.CCSCalibration method) calibrate_ccs() (in module deimos.calibration) ccs2arrival() (deimos.calibration.CCSCalibration method) CCSCalibration (class in deimos.calibration) check_length() (in module deimos.utils)

collapse() (in module deimos) (in module deimos.subset) configure_profile_extraction() (deimos.deconvolution.MS2Deconvolution method) construct_putative_pairs() (deimos.deconvolution.MS2Deconvolution method) cosine() (in module deimos.deconvolution) count() (in module deimos.filters)

D

data2grid() (in module deimos.grid) deimos module deimos.alignment module deimos.calibration module deimos.cli module deimos.deconvolution module deimos.filters module deimos.grid module

deimos.io module deimos.isotopes module deimos.peakpick module deimos.plot module deimos.subset module deimos.utils module detect() (in module deimos.isotopes) detect_dims() (in module deimos.utils)

E

embed_unique_indices() (in module deimos.filters)

F

features (deimos.subset.MultiSamplePartitions attribute) (deimos.subset.Partitions attribute)

fill_between() (in module deimos.plot) fit (deimos.calibration.CCSCalibration attribute) fit_spline() (in module deimos.alignment)

G

get_1D_profiles() (in module deimos.deconvolution) get_accessions() (in module deimos) (in module deimos.io)

grid() (in module deimos.plot) grid2df() (in module deimos.grid)

K

kurtosis_pdf() (in module deimos.filters)

L

load() (in module deimos) (in module deimos.io) load_hdf() (in module deimos.io) load_hdf_multi() (in module deimos.io) load_hdf_single() (in module deimos.io)

load_mzml() (in module deimos.io) local_maxima() (in module deimos.peakpick) locate() (in module deimos) (in module deimos.subset) locate_asym() (in module deimos) (in module deimos.subset)

M

main() (in module deimos.cli) map() (deimos.subset.MultiSamplePartitions method) (deimos.subset.Partitions method) match() (in module deimos.alignment) matched_gaussian() (in module deimos.filters) maximum() (in module deimos.filters) mean() (in module deimos.filters) mean_pdf() (in module deimos.filters) minimum() (in module deimos.filters) module deimos deimos.alignment deimos.calibration deimos.cli deimos.deconvolution deimos.filters deimos.grid deimos.io deimos.isotopes deimos.peakpick deimos.plot deimos.subset deimos.utils

MS2Deconvolution (class in deimos.deconvolution) multi_sample_partition() (in module deimos) (in module deimos.subset) multipanel() (in module deimos.plot) MultiSamplePartitions (class in deimos.subset)

O

offset_correction_model() (in module deimos.deconvolution)

OrderedSet() (in module deimos.isotopes) overlap (deimos.subset.Partitions attribute)

P

partition() (in module deimos) (in module deimos.subset)

Partitions (class in deimos.subset) persistent_homology() (in module deimos.peakpick)

S

safelist() (in module deimos.utils) save() (in module deimos) (in module deimos.io) save_hdf() (in module deimos.io) save_mgf() (in module deimos.io) save_msp() (in module deimos.io) ScalarFormatterForceFormat (class in deimos.plot) size (deimos.subset.MultiSamplePartitions attribute) (deimos.subset.Partitions attribute) skew_pdf() (in module deimos.filters) slice() (in module deimos) (in module deimos.subset)

smooth() (in module deimos.filters) sparse_mean_filter() (in module deimos.filters) sparse_median_filter() (in module deimos.filters) sparse_upper_star() (in module deimos.filters) sparse_weighted_mean_filter() (in module deimos.filters) split_on (deimos.subset.MultiSamplePartitions attribute) (deimos.subset.Partitions attribute) std() (in module deimos.filters) std_pdf() (in module deimos.filters) stem() (in module deimos.plot) sum() (in module deimos.filters)

T

tfix (deimos.calibration.CCSCalibration attribute) threshold() (in module deimos) (in module deimos.subset)

tol (deimos.subset.MultiSamplePartitions attribute) tolerance() (in module deimos.alignment) tunemix() (in module deimos.calibration)

Z

zipmap() (deimos.subset.Partitions method)